手術室必須嚴格劃分為限制區(無菌手術室)、半限制區(汙染手術室)和非限制區。三區分開有兩種設計:壹種是將限制區和半限制區設置在不同樓層的兩個部分，可以完全隔離衛生，但需要兩套設施，增加人員，管理不便；其次，方便在同壹樓層的不同區段設置禁區和非禁區，中間為半禁區，設備使用。
受限區域包括無菌手術室、衛生間、無菌室、藥品儲存室等。半限制區包括急診手術室或汙染手術室、器械敷料準備室、麻醉準備室和消毒室。有更衣室、石膏室、標本室、汙水處理室、麻醉復蘇室、護士辦公室、醫務人員休息室、餐廳、手術病人家屬休息室等。值班室和護士辦公室應設在入口附近。
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