由於防腐劑對人體有害，在現有技術中，芒果汁的殺菌方法壹般是采用超高溫瞬時殺菌法或超虹吸殺菌法。超高溫瞬時殺菌法的殺菌溫度壹般為135℃左右，殺菌時間壹般為4-10秒：超虹吸殺菌法的殺菌溫度壹般為105-120℃，殺菌時間壹般為5-30秒。
果汁飲料的殺菌，首先是要求殺滅果汁中汙染的致病菌、腐敗菌，控制菌落總數符合國家標準，同時還應破壞果汁中的酶，使其在特定環境中有壹定的保存期；其次，是要求在殺菌過程中盡可能保護果汁的營養成分和風味。