可以清洗；在運行中，如果將較差的進水引入膜組，或供電不足，會增加維護工作量。進水汙染的主要原因是有機物、硬度和鐵。進水硬度較高會導致離子交換膜濃水側結垢，從而降低產水水質。進水硬度、溶解的 CO2 和高 pH 值會加速結垢，可以使用適當的酸來清洗汙垢。
進水中的有機汙染物會在離子交換樹脂和離子交換膜表面形成壹層薄膜，嚴重影響離子遷移速度，從而影響產水水質。出現這種情況時，需要使用適當的清洗劑清洗淡水室。有機清洗過程請參見附錄。如果 EDI 膜塊在無電源或電源不足的情況下運行，淡水室中的離子交換樹脂將被離子飽和，從而降低產水水質。要使離子交換樹脂再生，可讓水流過膜塊，並緩慢增加供電電壓，使吸附的離子移出系統，從而使樹脂再生。在樹脂再生過程中，膜塊應以較高的電流和較低的水流量運行。