辦 公 室：
負責綜合協調和督促“中心”日常行政工作；起草重要文檔；負責文秘、宣傳、機要、檔案、統計、人事管理等工作；負責“中心”財務管理、資產管理及各類後勤服務保障；負責“中心”網站維護和日常運行管理；負責對外接待的聯絡和協調。
業務壹部：
組織實施全省執業藥師、藥學初級專業技術人員繼續教育、醫療器械行業專業技術人員繼續教育；組織實施藥學、醫療器械中級專業技術人員考前培訓。
業務二部：
組織實施醫藥行業特有工種職業技能鑒定；組織編制醫藥行業特有工種的培訓教材、教學大綱、教學計劃及鑒定實施方案，組建相應的試題庫；制定醫藥行業特有工種職業技能鑒定站（所）的標準條件，協助浙江省職業技能鑒定中心對要求建立醫藥行業特有工種職業技能鑒定站（所）進行資格初審。
業務三部：
開發並組織實施各類經營項目；開發並組織實施咨詢服務及論壇、研修、技術交流等項目；承辦省局各處室年度立項的培訓項目。負責局機關大院的日常物業管理。