B、根據標在元素符號右下角的數字表示壹個分子中所含原子的個數，可知壹個蒿甲醚分子由16+26+5=47個原子構成；故B正確；
C、根據含有碳元素的化合物叫有機化合物，簡稱有機物．碳的氧化物、碳酸鹽、碳酸雖含碳，但其性質與無機物類似，因此把它們看作無機物．因此蒿甲醚屬於有機化合物；故C正確；
D、根據化合物中各元素質量比=各元素的相對原子質量×原子個數之比；可知蒿甲醚的中C，H，O三種元素的質量比為：12×16：26：16×5=96：13：40；故D錯誤；或蒿甲醚的中C，H，O三種元素的原子個數比是16：26：5，故D錯誤；
故選D