微生物檢測有壹般微生物如細菌總數、黴菌和酵母計數檢測，以及致病菌檢測，在壹定的培養條件下（相同的培養基、溫度以及培養時間），同種微生物表現出穩定的菌落特征。
根據微生物的代謝特點，在培養基中加入某種指示劑或化學藥品。與選擇培養相比，鑒別培養基的鑒別所得結果的範圍比較小，壹般可直接測定某微生物的種類。
選擇培養壹般是通過觀察微生物的同化作用類型或某壹特征進行間接判斷，得到的微生物往往並不只有壹種，但是能夠大致確定這些微生物存在的***有特征從而對其分類。
微生物檢驗範圍
國內外開展微生物檢驗的食品種類較多，食品分類方法也不盡相同。總的來看涉及微生物檢驗的食品種類主要有：奶制品、預烹煮食品、飲用水、蛋制品、水果、谷物、嬰幼兒食品、肉及肉制品、軟體動物、禽肉、貝類、白明膠、香草（藥）。
即食食品、罐頭食品、調味品，粉類制品、豆制品、冷凍飲品、糖果、海鮮、甜點、蔬菜、藻類、食療食品、米面制品等。
我國開展微生物檢驗的重點食品種類為：奶制品、罐頭食品、調味品、蛋制品、澱粉類制品、發酵和非發酵性豆制品、冷凍飲品、糖果、飲用天然礦泉水等，其中食糖以及保健品的微生物檢驗為我國所獨有。