1、頒發機構不同，藥品出口準許證是由國家食品藥品監督管理局頒發的，而出口銷售證明則是由出口商與進口商過程中的第三方機構或政府機構簽發的。
2、內容不同，藥品出口準許證是對列入興奮劑目錄的蛋白同化制劑、肽類激素等供醫療使用的興奮劑實施進出口管理，簽發準予進出口的許可證件。而出口銷售證明是證明出口商在海外市場上向某國家或地區的進口商銷售了壹定數量的貨物的證明文件。
3、用途不同，藥品出口準許證是供醫療使用的興奮劑進出口管理的許可證件，對於藥品的進出口有著重要的管理作用。而出口銷售證明是證明出口商具備穩定地位和信譽度的證明文件，對於進口商選擇合作夥伴和國際貿易中的地位和優勢有著重要的影響。