國家食品藥品監督管理總局機關行政編制為345名（含兩委人員編制2名、援派機動編制2名、離退休幹部工作人員編制20名）。其中：局長1名、副局長4名，為建立國家食品藥品監督管理總局與國家衛生和計劃生育委員會加強藥品與醫療衛生統籌銜接、密切配合的機制，增設1名副局長兼任國家衛生和計劃生育委員會副主任；司局領導職數60名（含食品安全總監1名、藥品安全總監1名、機關黨委專職副書記1名、離退休幹部局領導職數2名），國家食品藥品稽查專員10名。