近年來，由於基礎生命科學的發展和各種新生物技術的應用，由微生物產生的除抗感染和抗腫瘤外的其他生物活性物質的報道越來越多，如特異性酶抑制劑、免疫調節劑、受體拮抗劑和抗氧化劑等，其活性已經超出了抑制某些微生物生命活動的範圍。但這些物質都是微生物的次生代謝產物，在生物合成機理、篩選研究程序、生產工藝等方面都有相同的特點。但將它們統稱為抗生素顯然是不合適的，所以很多學者認為將這些由微生物產生的具有生理活性(或藥理活性)的次生代謝產物統稱為微生物藥物。這裏的微生物藥物應該包括:具有抗微生物感染和抗腫瘤作用的傳統抗生素，以及特異性酶抑制劑、免疫調節劑、受體拮抗劑、抗氧化劑等。