新的《醫院會計制度》和《基層醫療衛生機構會計制度》沒有明確規定。在會計領域，有人認為應該執行《基層醫療衛生機構會計制度》，也有人認為應該執行《小企業會計準則》。
二、民營醫院會計科目的設置
《基層醫療衛生機構會計制度》規定，會計科目的設置和使用，在不影響會計處理和編制會計報表的情況下，可以根據實際情況設置本制度規定以外的明細科目，不必要的科目可以不設置。基層醫療衛生機構不得隨意打亂會計科目的編號。
《小企業會計準則》規定，小企業可以在不違反會計準則中確認、計量和報告規定的前提下，根據本企業的實際情況，自行增加、拆分和合並會計科目。對於小企業不存在的交易或者事項，可以不設置相關會計科目。對於明細科目，小企業可根據附錄中的規定自行設置。賬號供企業填制會計憑證、登記賬簿、查閱會計賬目和使用會計軟件系統參考。企業可根據實際情況自行確定其他賬號。
根據上述規定，結合民營醫院的實際情況，設置適用的會計科目和明細科目。民營醫院設置的會計科目大致可以分為五類，即資產、負債、所有者權益、收入和支出。
第三，民營醫院的性質
根據民營醫院的單位性質和業務範圍，其本質屬於事業單位企業化管理的經濟組織形式，其會計核算應以基層醫療衛生機構會計制度為基礎，並參照小企業會計準則的規定。