1，經營範圍不同
雲南本草健康科技有限公司的經營範圍為:計算機軟硬件的開發與應用；日用品、化妝品、母嬰用品、保健食品、保健器械、散裝預包裝食品、農副產品、消毒產品(不含危險化學品)、電子產品、醫療器械的銷售；健康信息咨詢等。
雲南白藥集團有限公司的經營範圍包括:化學原料藥、化學制劑、中成藥、中藥材、生物制品、保健食品、化妝品、飲料的研究、生產和銷售；糖、茶、建築材料、裝飾材料的批發、零售、購銷；科學技術和經濟技術咨詢服務、物業管理、醫療器械(第二類、醫用敷料、壹次性醫療衛生用品)、日用化工產品。
2.主要產品不同
雲南本草健康科技有限公司主要產品有雲南本草珍珠亮白牙粉、雲南本草濃縮漱口水、雲南本草牙線棒等。雲南白藥集團有限公司的主要產品是雲南白藥。
3.不同的公司類型
雲南本草健康科技有限公司為有限責任公司，雲南白藥集團有限公司為集體企業。
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