黃酮類化合物的基本母核及分類依據，常見黃酮類化合物結構類型如下：
1、黃酮類：以2-苯基色原酮為基本母核，3位無氧取代基。常見的化合物有黃芩中主要抗菌、消炎有效成分黃芩苷。
2、黃酮醇類：以2-苯基色原酮為基本母核，3位有含氧取代基。如槐米中的槲皮素及其苷蘆丁，後者具有維生素P樣作用，用於治療毛細血管變脆引起的出血癥，並用作高血壓的輔助治療劑。此外從銀杏葉中分離出的黃酮類化合物具有擴張冠狀血管和增加腦血流量的作用，如山萘酚、槲皮素等。
3、二氫黃酮（醇）類：黃酮（醇）類的2、3位雙鍵打開即為二氫黃酮（醇）類。如陳皮中的橙皮苷具有和蘆丁相同的用途，也有維生素P樣作用，多作成甲基橙皮苷供藥用，是治療冠心病藥物“脈通”的重要原料之壹。
4、異黃酮類：其B環連接在3位上。如葛根總異黃酮有增加冠狀動脈血流量及降低心肌耗氧量等作用，其主要成分有大豆素、大豆苷及葛根素等，它們均能緩解高血壓患者的頭痛癥狀，大豆素還具有雌激素樣作用。其中葛根素的多種化學藥品制劑已廣泛應用於臨床。
黃酮類化合物的分類依據主要包括：
1、中央三碳鏈的氧化程度。
2、苯環取代的羥基情況。
3、4位是否具有羰基。
4、B環連接位置。
5、三碳鏈是否構成環狀。