1.抗生素的長期使用可使人體產生過敏反應，到時候抗生素就不能用了。
2.抗生素壹般可以也破壞人體正常的菌群，導致不敏感微生物的過度生長，如黴菌、耐藥菌等，到時候很可能會產生多重感染。
3.抗生素長期使用可以加快細菌的進化，出現耐藥菌株（MRSA、VRE、NDM-1超級細菌等就是後果）。
4.有些抗生素長期使用還有壹些特有的不良反應，如氨基糖苷類抗生素（慶大黴素、鏈黴素、卡那黴素等）、萬古黴素等，還可以導致藥物性耳聾和腎功能損害（不可逆轉）。