醫藥代理的運作程序和環節可以分為：醫藥代理可以掛靠公司，也可以個人做代理兩種，但是掛靠這種方式是國家藥監局規定不允許的，相當於過票。
此外，我們大家都知道，現在的醫藥產品分為“國藥準字、械準字、還有國食健字等。而醫藥代理商在前期必須要在當地有壹定的網絡渠道和關系人脈，利用這些將自己找到的藥品或器械送到關系網絡所在的醫院，藥店或診所，所以說網絡渠道和關系人脈及優質的產品是醫藥代理商必備的三要素！