社保卡在購買藥品時的扣費機制是根據醫保的兩個賬戶進行的。首先，個人賬戶（通常在醫保卡內）主要用於在指定藥店購買藥品，以及支付門診和住院費用中個人需要自付的部分。這部分資金可以直接用於消費，無需先墊付後報銷。
其次，統籌賬戶由醫保中心管理，它負責處理符合當地醫保報銷條件的費用。當參保人員在定點醫院就醫時，只需出示社保卡以確認身份，醫療費用中的自付部分由個人通過醫保卡或現金支付，醫保報銷的部分則由醫保部門和醫院直接結算，無需個人先行支付再申請報銷。
使用社會保障卡進行醫療事務處理的壹大優點是，個人賬戶余額可以結轉使用，不會因為更換卡片而失效。這意味著即使更換社保卡，參保市民的個人賬戶資金也不會丟失。總的來說，社保卡的使用與原有的醫保待遇保持壹致，市民仍按所在省市的《職工基本醫療保險辦法》享受保險服務，無需過多擔心賬戶管理問題。