根據《關於貫徹實施〈藥品生產質量管理規範（2010年修訂）〉的通知》（國食藥監安〔2011〕101號）的要求，新版GMP於2010年3月1日正式實施，新開辦藥品生產企業和新建生產線、車間需按照新版GMP進行認證。
由於新版GMP的起點較高，部分已通過98版認證的藥品生產企業壹時還難以達到新版GMP的要求，因此藥監部門給予其壹定的調整緩沖期，藥品生產企業可在其原持有的GMP證書到期前向當地省藥監局申請GMP證書延續，普通藥品可延續到2015年12月31日，高風險藥品（如：註射劑等）可延續到2013年12月31日。
企業向當地省局提出GMP證書延續申請，省局在受理申請後安排進行GMP證書延續監督檢查（不收取認證費用，檢查標準為98版GMP），檢查合格後，發給企業藥品GMP證書延續批件（不再制發GMP證書，原GMP證書和延續批件配套使用），並掛網公告，同時報送國家局掛網。延續信息可在省藥監局及國家藥監局網上查詢到。
2013年12月31日後高風險藥品生產企業必須通過新版GMP認證，方可生產；同理，2015年12月31日後普通藥品生產企業也必須通過新版GMP認證才可以生產。
中藥飲片和醫用氣體仍執行98版GMP，暫不受2015年12月31日大限限制。