據公告顯示，原屬國資委直接管理的國有大型醫藥企業的三九集團，由於內部管理問題，從2003年底陷入資不抵債境地，生產經營難以為繼，出現嚴重的信用和債務危機。
2006年12月，華潤集團公司作為三九集團潛在戰略投資者向有關部門提交了三九集團重組方案。2007年7月，國務院國資委在《關於三九集團重組有關問題的批復》中，同意三九集團資產債務重組的整體安排，由華潤醫藥收購新三九並向其增資至40億元，用於新三九收購三九集團的有效資產。
2007年8月，華潤集團在香港註冊成立了華潤醫藥。2007年9月，華潤醫藥收購三九集團所持新三九100%股權及增資等事宜獲商務部批準。2008年1月，國務院國資委下發《關於三九企業集團並入華潤（集團）有限公司的通知》，三九集團並入華潤集團成為全資子公司。