確診後，病情比較嚴重，調整生活方式後仍不見明顯效果，需要在醫生的指導下進行藥物治療。目前認為最有效的藥物是質子泵抑制劑，常用的有奧美拉唑等。這些藥物可以較快地緩解反酸、燒心癥狀，加速食管黏膜的愈合，提高患者的生活質量。當然，病程較短、病情不太嚴重者，也可先用壹般抗酸藥，如鋁碳酸鎂（商品名達喜）；組胺（H2）受體拮抗劑，如法莫替丁、西米替丁、雷尼替丁等；胃動力藥，如嗎丁啉等。
偶爾的食物反流癥狀不會造成嚴重危害，因為人體食道有較好的自我防禦機制。但如果癥狀比較明顯，病情反復發作，則應積極治療，以免食管黏膜長期受酸刺激，逐漸被腐蝕，產生糜爛、潰瘍；長此以往，可導致食管出血、黏膜瘢痕形成，甚至食管腔狹窄，影響吞咽和進食。
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