1、位置：醫療門診藥房位於醫院的門診部門或診所內，其主要功能是為門診患者提供藥品發放服務。而住院藥房則位於醫院的住院部門內，主要為住院患者提供藥品發放服務。
2、種類：門診藥房的藥品種類相對較少，主要是常見的口服藥、外用藥、註射劑等。住院藥房的藥品種類較多，包括口服藥、註射劑、輸液劑、化療藥物等。