睪丸炎的病因多是由細菌感染引起的，因此患者可以在醫生的指導下服用頭孢曲松或左氧氟沙星等抗生素做治療，這些抗生素在抗感染方面效果比較好。如果伴有局部疼痛等不適癥狀，還可以服用布洛芬或雙氯芬酸鈉等止痛藥來配合治療，這些藥物在止痛方面效果比較好。睪丸炎是壹種很常見的生殖系統門診傳染病，睪丸、附睪、前列腺、精囊腺，這是男性生殖系統最重要的四個器官。這四個器官通常有壹道保護屏障，稱為血睪屏障。有了這道屏障，循環系統中的病毒、細菌、病原微生物甚至有毒代謝物都難以穿透屏障到達生殖系統，從而威脅和破壞生殖系統的生育能力，這也是對男性生育能力的壹種保護機制。但另壹方面，壹旦生殖系統出現感染性病變，屏障有時又會限制藥物穿透到達生殖系統，形成較好的血藥濃度。因此，有時患了睪丸炎、附睪炎或前列腺炎，抗生素治療往往是壹種需要，也是壹種選擇。建議首選的抗生素藥物還是喹諾酮類抗生素，如左氧氟沙星、拜復樂等常用藥物。
對於睪丸炎、附睪炎嚴重的患者，也可以考慮使用左氧氟沙星、喹諾酮類、拜復樂這類藥物來靜脈滴註，或者氨基糖苷類抗生素靜脈滴註，效果往往更好。通常這種疾病的用藥時間較長，壹周到壹個月都有可能，這完全取決於生殖系統感染的嚴重程度，以及患者癥狀恢復的速度綜合決定。