微生物汙染，是指由細菌與細菌毒素、真菌與真菌毒素和病毒造成的動物性食品的生物性汙染。
常見形態為空氣的微生物汙染和水的微生物汙染。空氣雖然不是微生物產生和生長的自然環境，沒有細菌和其他形式的微生物生長所需要的足夠的水分和可利用的養料，但由於人們的生產和生活活動，使空氣中可存在某些微生物，包括壹些病原微生物如結核桿菌、白喉桿菌、金葡菌、流感病毒、麻疹病毒等，可成為空氣傳播疾病的病原。