在酸奶中添加的何種菌種我國有非常明確的規定。根據《保健食品註冊管理辦法（試行）》，國家食品藥品監督理局管於2005年7月1日發布《益生菌類保健食品申報與審評規定（試行）》中規定， 可用於保健食品的益生菌菌種名單如下：
1）兩岐雙岐桿菌 （Bifidobacterium bifidum）
2）嬰兒雙岐桿菌（Bifidobacterium infantis）
3）長雙岐桿菌（Bifidobacterium longum）
4）短雙岐桿菌（Bifidobacterium breve）
5）青春雙岐桿菌（Bifidobacterium adolescentis）
6）德氏乳桿菌保加利亞種（Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus）
7）嗜酸乳桿菌（Lactobacillus acidophilus）
8）幹酪乳桿菌幹酪亞種（Lactobacillus casei subsp. Casei）
9）嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）
10）羅伊氏乳桿菌（Lactobacillus reuteri）
此外還包括鼠李糖乳桿菌（Lactobacillus rhamnosus），動物雙岐桿菌（Bifidobacterium animalis）