長期引用可樂會破壞牙齒的琺瑯質層引起牙病，而琺瑯質被破壞後的食品添加劑則易使牙齒染色，有 "可樂牙 "之稱。所有碳酸飲料中都含有磷酸，長期大量攝入，會影響我們體內鈣磷比例失調，影響鈣的吸收，造成骨質疏松。
咖啡因會刺激心肌收縮，加快心跳和呼吸；會刺激胃酸分泌，傷害腸胃；有利尿作用，老年人容易有脫水的危險；長期飲用會上癮，壹旦不喝就會感覺不適應，昏昏欲睡或頭痛。有觀點認為，無糖可樂中的部分甜味劑可能會在人體內分解甲醇，但還是那句話：但還是那句話："脫離劑量談毒性是壹種把戲"。碳酸飲料有損骨骼的作用，過量飲用會導致缺鈣和骨質疏松，尤其是經常喝冰鎮飲料的人，會引起關節疼痛，特別容易患強直性脊柱炎。
可樂中的磷酸是壹種強酸，會給胃帶來壹定負擔，胃潰瘍患者最好不要飲用。可樂中的二氧化碳會使胃酸反流到食道，刺激食道，誘發食道癌。長期喝可樂傷胃，因為可樂中的二氧化碳容易引起腹脹，影響食欲，甚至引起胃腸功能紊亂，特別是腸胃炎、胃潰瘍患者喝可樂會加重病情。世界衛生組織曾建議每人每天攝入精制糖的重量為 30-50 克，超過這個數字，就會有肥胖的危險。