藍藻壹旦爆發，對魚蝦危害很大，應采取有效措施迅速處理，以減少損失。農民可以根據相應的條件采取相應的措施。
定期補充有益菌，在攝食高峰期定期噴灑EM菌、芽孢桿菌等有益菌，分解高蛋白飼料中殘留的餌料糞便，利用有益菌與藍藻競爭水中的氮、磷等營養物質，抑制藍藻生長。