QCPR的原理是通過定量檢測PCR反應中PCR擴增的DNA或RNA的數量來推斷初始模板的數量。在QCPR實驗中，通常會加入壹種熒光染料，它會在qPCR反應中與擴增的DNA或RNA結合，產生熒光信號。通過檢測熒光信號的強度，可以推斷模板的數量。
QPCR技術廣泛應用於醫學、生物學、生態學、農業等領域，如檢測病原體、評估基因表達和基因型、檢測環境中的微生物等。
1.標本間的交叉汙染:標本汙染主要包括采集標本的容器汙染，或因封口不整齊或標本粘附在容器外而造成的交叉汙染；樣品核酸模板提取過程中，樣品間的汙染是由於吸樣槍的汙染造成的；壹些微生物標本，尤其是病毒，可以隨氣溶膠傳播或形成氣溶膠，造成相互汙染。
2.PCR試劑汙染:主要是由於PCR試劑制備過程中，PCR核酸模板對樣品槍、容器、雙蒸水等溶液的汙染。