進口環節增值稅計稅依據為組成計稅價格，應納稅額=組成計稅價格×稅率
組成計稅價格包括已繳納的關稅稅額，如果進口貨物屬於消費稅應稅消費品的，還應包括進口環節已納消費稅稅額，即：
組成計稅價格=關稅完稅價格+關稅+消費稅
進口環節稅率進口貨物適用的稅率為13%和9%，和國內貨物對應的稅率壹致，不管進口環節納稅義務人是壹般納稅人還是小規模納稅人或是非企業單位、個人，進口環節均適用稅率（13%、9%）。
特殊情況，進口抗癌藥品以及罕見藥品的，減按3%征收繳納進口環節增值稅。
對於壹般納稅人而言，進口環節繳納了進口環節增值稅（進項稅額），憑借海關進口增值稅專用繳款書可以抵扣對外銷售產生的銷項稅額，即應納增值稅稅額=銷項稅額-進項稅額，會計分錄為：
借：原材料/庫存商品 應交稅費——應交增值稅（進項稅額） 貸：銀行存款等
對於納稅義務人為小規模納稅人的，繳納的進口環節增值稅，不得抵扣，應計入相關貨物的入賬成本，借：原材料/庫存商品（含進口環節增值稅） 貸：銀行存款等。