藥劑學中的雜質是指沒有治療作用或影響藥物穩定性和療效，甚至對人體健康有害的物質。在藥物的研究、生產、儲存和臨床應用中，必須保持藥物的純度，減少藥物的雜質，以保證藥物的有效性和安全性。
壹般可將藥物的結構、外觀、理化常數、雜質檢查、含量測定視為壹個相互聯系的整體來評價藥物的純度。
藥物中含有的雜質是影響藥物純度的主要因素。比如，藥物中所含雜質超過限度，理化常數可能發生變化，外觀性狀可能發生變化，藥物的穩定性可能受到影響。雜質的增加必然使藥物含量或活性降低，副作用明顯增加。
由於原料不純或原料反應過程中反應不完全而存在於藥物原料中的雜質，以及反應的中間產物和副產物。
如果對乙酰氨基酚生產中的乙酰化反應是可逆的，最終產品中必然會殘留氨基酚；熊去氧膽酸中檢出微量膽酸，是因為原料純度不夠。
有科學家利用薄層色譜(TLC)、白樺高效液相色譜(HPLC)和光譜技術檢測了炔諾酮中的兩種雜質:3，17a-二乙烯基-13-乙基-3，5-甾烯-17酮和17a-乙烯基-65438。
原料藥生產中溶劑、催化劑等殘留溶劑造成的藥物雜質。
如氨芐西林的純化過程中，由於組合和幹燥條件的不同，有機溶劑中有不同程度的殘留，主要是二氯甲烷、異丙醇、丙酮等。阿米卡星生產過程中，需要用乙醇多次重結晶精制，原料中有乙醇殘留。