（1）臨床診療部分：醫生工作站，護士工作站，臨床檢驗系統，醫學影像系統，輸血及血庫管理系統，手術麻醉管理系統；
（2）藥品管理部分：數據準備及藥品字典、藥品庫房管理功能、門急診藥房管理功能、住院藥房管理功能、藥品核算功能、藥品價格管理、制劑管理子系統、合理用藥咨詢功能；
（3）經濟管理部分：門急診掛號系統，門急診劃價收費系統，住院病人入、出、轉管理系統，病人住院收費系統，物資管理系統，設備管理子系統，財務管理與經濟核算管理系統；
（4）綜合管理與統計分析部分：病案管理系統、醫療統計系統、院長查詢與分析系統、病人咨詢服務系統；
（5）外部接口部分：醫療保險接口、社區衛生服務接口、遠程醫療咨詢系統接口；
醫院信息系統包括醫學影像信息系統PACS(Picture Archiving and Communication Systems)、臨床信息系統（Clinical Information System, CIS）、放射學信息系統(Radiology Information System, RIS)、實驗室信息系統（Laboratory Information System, LIS）。
其中與醫療活動直接相關的信息系統被稱為醫療系統。包括醫療專家系統，輔助診斷系統，輔助教學系統，危重病人監護系統，藥物咨詢監測系統，以及壹些特殊診療系統，如CT（計算機X射線層析攝影），B超，心電圖自動分析，血細胞及生化自動分析等。這些系統相對獨立，形成專用系統或由專用電子計算機控制，主要完成數據采集和初步分析工作，其結果可通過聯機網絡匯集成診療文件和醫療數據庫，供醫生查詢和調用。