湖南中醫藥研究院設有：附屬醫院（中醫臨床研究所）、中藥研究所、中醫基礎研究所、文獻信息研究所、湖南國華制藥有限公司、湖南雅龍生物工程有限責任公司、湖南省中醫藥科技發展總公司、《湖南中醫雜誌》社等專業機構和經濟實體。現為國家中醫藥管理局科研基地、國家藥品監督管理局藥品臨床研究基地、國家中醫藥文獻檢索湖南分中心、湖南省中藥新藥研究與開發重點實驗室、國務院首批批準有碩士學位授予權並且具有聯合招收博士生、全日制與成高大專生的中醫藥科研單位。