生物技術按其發展歷史可分為傳統生物技術和現代生物技術。傳統生物技術是指制作醬、醋、酒、面包、奶酪、酸奶、泡菜等食品的傳統工藝；現代生物技術是指20世紀70年代末發展起來的，以現代生物學研究成果為基礎，以基因工程特別是DNA重組為核心的壹門新興學科。目前生物技術基本上是指現代生物技術。
根據是否使用基因工程技術，生物技術可分為基因工程技術和非基因工程技術。基因工程包括基因分析、基因定位、基因指紋、基因提取、基因重組、轉基因轉化和基因庫的建立。非基因工程技術包括菌株篩選與誘變、高密度發酵工程技術、太空育種、細胞冷凍與休眠、細胞體外培養、細胞雜交、胚胎移植、體外受精等。
生物技術按行業分為醫學生物技術、工業生物技術、農業生物技術和海洋生物技術。每個行業的生物技術又細分為更專業的生物技術，如農業生物技術、飼料生物技術、食品生物技術、獸醫生物技術、植物生物技術、動物生物技術等等。