香港特別行政區的首長是行政長官，由壹個具有廣泛代表性的選舉委員會根據《基本法》選出，由中央人民政府任命。行政長官負責執行《基本法》、簽署法案和財政預算案、公布法律、決定政府政策和發布行政命令，行政會議則協助制定政策。
香港的政府部門，包括“三司十二局”，是財政司司長和政策局的非正式統稱，最早由傳媒使用。這三個部門是政務司司長、財政司司長和律政司司長。12個政策局包括公務員事務局、政制及內地事務局、教育局、環境局、食物及衛生局、民政事務局、勞工及福利局、保安局、運輸及房屋局、商務及經濟發展局、發展局及財經事務及庫務局。香港的政府部門通常被稱為“部門”或“科”(如衛生署和香港警務處)。他們的首長均為香港公務員，大部分向所屬政策局負責，少數則直接向政務司司長負責(例如行政署向政務司司長負責)。此外，審計署直接向立法會負責。香港廉政公署和申訴專員公署直接向行政長官負責。