1949年8月20日平原省成立，冀魯豫區菏澤師範學校改為平原省立菏澤師範學校，為平原省教育廳主管單位。
1952年12月，平原省撤銷，菏澤、聊城兩區並入山東省，平原省立菏澤師範學校改稱山東省立菏澤第壹師範學校，菏澤壹師，由山東省教育廳主管。
1958年7月山東省和菏澤專署為解決菏澤地區中學教師的困難，決定以菏澤第壹師範學校為基礎，重建菏澤師範專科學校。
1962年5月，學校傳達山東省文教廳精簡機構會議精神，黨委研究調整撤銷工作，6月，學校制定撤銷工作方案。1963年11月25日起，學校停止對外辦公和壹切聯系。
1970年7月，山東財經學院撤銷，人員和辦學設備分別遷往惠民和菏澤，並改組惠民、菏澤兩所師範專科學校，菏澤師範專科學校得以復建。
1978年，經國務院批準，菏澤師範專科學校為普通高等師範院校。
2002年1月7日，經山東省人民政府批準，菏澤教育學院、菏澤廣播電視大學、菏澤農業學校、菏澤師範學校合並為菏澤師範專科學校，籌建菏澤學院。
2004年5月17日，菏澤學院成立，教育部正式批準菏澤學院為普通本科高校。
2012年，學校接受山東省教育廳領導，順利通過教育部本科教學工作合格評估。