基本沒有危害，對人體有危害的是氯氣，自從二氧化氯取代氯氣成為第壹消毒藥之後，對人體的危害幾乎沒有。
氯氣在水中可以以遊離態的氯分子形式存在，但是氯分子可以與水中的有機物發生反應，並生成對人體有害的物質，這種物質對人體的短期沒有大的影響，但是隨著在人體中的積累，它可以對人體的各方面的性能產生影響，甚至可以誘發癌癥。
當深入認識到了氯氣的危害時，世界環保聯盟提出了全面禁止使用氯氣，並在全世界各地逐漸的普及以二氧化氯為消毒劑的建議。
從消毒效果和副作用綜合比較，二氧化氯是目前化學消毒劑中最優秀的的消毒劑，但不能說是無毒的綠色消毒劑，有個學術術語叫實際無毒性，是在消毒劑或添加劑壹定使用量下的毒性分級，按毒性輕重分為：無毒，實際無毒，低毒，中等毒，劇毒，極毒幾個級別。二氧化氯按這種方式可以劃分為實際無毒級。