益生菌，用於人類和動物，是指壹類能在人類或動物體內存活，對宿主的生命和健康有益的微生物。它們生於人類或動物的胃腸道。主要有蠟樣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、乳酸桿菌、乳球菌、糞鏈球菌、雙歧桿菌等。
用於水質處理的有益微生物有:
1.硝化作用的微生物:亞硝酸鹽細菌:亞硝酸鹽單胞菌、亞硝酸鹽球菌、亞硝酸鹽螺旋菌、亞硝酸鹽葉狀體、亞硝酸鹽弧菌。含氮細菌:硝化細菌、硝化纖維菌、硝化球菌。
1.反硝化微生物:假單胞菌屬、產堿桿菌屬、芽孢桿菌屬、硫桿菌屬、脫氮硫桿菌屬、紅假單胞菌屬、副球菌屬、布倫哈特氏菌屬、奈瑟氏球菌屬。
3.硫化微生物:硫化細菌、絲狀硫細菌和光自養硫細菌。
4.抗脫硫微生物:脫硫弧菌。
用於生物肥料有益微生物包括根瘤菌、色球固氮菌、巨大芽孢桿菌和膠質芽孢桿菌(矽酸鹽細菌)。
生物農藥中使用的有益微生物產生抗菌物質，抑制或殺滅病原菌，稱為抗菌作用。如綠色木黴產生膠體毒素和綠色細菌素兩種抗生素，拮抗水稻紋枯病菌等多種病原菌。哈茨木黴和木黴菌能寄生水稻紋枯病菌和水稻紋枯病菌菌絲，接種木黴菌的豌豆和蘿蔔種子能防治水稻紋枯病和苗期立枯病。