醫用純化水設備制備的純化水水質對生產質量有很大的影響，熱水殺菌首先通過向水箱中註入30%體積的水，並利用熱交換器將水箱內部加熱，以121℃的溫度維持半小時後進行殺菌，完成後進入冷卻階段。在整個殺菌過程中不會受到冷凝水排放不完全問題的影響，可以起到全面殺菌的效果。
二、純蒸汽殺菌
醫用純化水設備可以用純蒸汽進行殺菌，是利用純蒸汽在高溫環境下進行殺菌的方法，這是由於純蒸汽的穿透力強，容易突破酶系統，從而起到殺菌的效果。
三、紫外線殺菌
醫用純化水設備可以通過紫外線進行殺菌，通過破壞菌群的生長速度，從而達到影響各種病毒、細菌的復制和繁殖能力，從而達到殺菌的效果。現代紫外線殺菌技術具有效率高、涉及面廣、操作安全可靠等優點。