新農合的重大疾病報銷比例會根據醫院級別的不同而不同。除超過基本醫療統籌基金最高支付限額的醫療費用外，根據醫療費用範圍的不同，報銷比例也會有所不同。0-4萬元以下的壹般醫療費用可報銷85%；4-8萬元以下的醫療費用可報銷90%；8萬元以上醫療費用可報銷95%，每個醫療年度最高支付限額為654.38+0.5萬元。門診統籌的鄉鎮和村補助比例分別提高到65%和75%。