第壹，長期服用褪黑素會對褪黑素產生壹定的依賴性，更不利於自己的睡眠質量。褪黑素雖然對睡眠質量有壹定的幫助，但是是藥三分毒，長期使用還是不好的。如果對褪黑素產生依賴心理，導致長期失眠的人認為，只有吃了褪黑素才能睡得好，不吃褪黑素的話今天就沒辦法睡覺了。這種依賴心理也是很可怕的。
其次，長期服用褪黑素會加重抑郁癥患者的病情。很多抑郁癥患者睡眠質量不是很好，會經常因為病情而失眠，所以也會選擇服用褪黑素。但是，如果長期服用褪黑素，會讓大腦過度依賴這種藥物，反而會讓抑郁癥患者的情緒十分低落，可能會加重抑郁癥患者的病情。
第三，長期服用褪黑素還可能導致記憶力減退。雖然目前還沒有明確的證據證明這壹點，但有很多長期服用褪黑素的患者都表示自己的記憶力出現了問題。記憶力減退會導致很多人出現忘記事情和記錯事情的問題。