其壹，采購機制的不同：醫院的藥品是藥企投標形式采購的，比如某個地級市的藥品由某些企業競標所得，競標後藥企的醫藥代表再到醫院去推，沒有中標的卻不能去醫院推銷，推銷的過程中需要付出人力、物力，也需要壹定比例的公關費用，醫生才會有動力開出某公司的藥品；而藥店藥品的代理供貨或者廠家直供藥店連鎖，僅僅產生壹個藥品加價。從這方面可以得出醫院比藥店貴。
其二，市場機制不壹樣：醫院用藥由於投標已經固定，在某個時段不能隨意更改，醫院用藥相對穩定，降價對藥企來說是減少收入，幾乎沒有哪個藥企有這麽好的良心；藥店所賣藥品市場充分競爭，同類藥企可隨時更換，藥企必須保持藥品性價比，才能在市場上有充分的競爭力。
其三，生產藥企規模差異：醫院用藥相對采購壹些大企業的藥品，大企業在生產工藝、生產設備都要先進，性能也相對要穩定壹定，羊毛必須出在羊身上，成本高的所以大企業要平攤壹部分成本，藥價相對高壹些；而藥店要選擇壹些新生的藥企，新藥企性價比是他們的致勝法寶。所以醫院用藥要貴壹些。