《中華人民共和國食品安全法》頒布實施後，取消了食品衛生許可。生產企業在當地技術監督局申請QS生產許可證，流通企業在當地工商局申請食品流通許可證。食品和飲料衛生由當地食品和藥品管理局負責。
關於《關於實施食品安全法有關問題的通知》，文章指出，自2009年6月1日起，各級衛生行政部門不再向食品生產、流通和餐飲服務單位發放食品衛生許可證，收集食品生產、經營和餐飲單位發放食品衛生許可證清單、許可證復印件和違法記錄，分別通報同級質量技術監督、工商行政管理和食品藥品監管部門。申請人提交的食品生產許可申請材料中，不需要提供食品衛生許可證。使用新的食品原料生產食品的，未經國務院衛生行政部門安全評估和許可，不得生產經營。2009年6月1後，地方政府確定的部門繼續按照現行工作機制承擔相關工作，對地方機構改革和職能調整中未完成的餐飲服務和保健食品生產企業許可工作進行平穩過渡。