但是在臨床試驗的過程中，往往會出現不可控因素，或者說試驗本身周期長，入組困難。同時，臨床試驗所用藥物的有效期壹般都是暫定的，相對較短，導致在壹些試驗中難以避免使用不同批次的臨床試驗用藥物。
如果對不同批次的藥品進行檢驗，請註意生產過程中的許多因素，如原料、生產工藝、藥品包裝等，盡可能與前壹批次壹致。如果原料來源不壹樣，生產工藝不壹樣，在後期的申報過程中會是壹個障礙。
至於最多可以使用多少批次，相關法律法規沒有明確規定。原則上盡量少用批次。