水幹後立即進行消毒。應用液體消毒劑時按每平方米1升計算用量。消毒順序是先上後下，即先噴灑頂棚，其次再墻壁和門窗，最後是地面。結束後打開門窗通風。
還可用甲醛和高錳酸鉀熏蒸。按雞舍體積計算所需用量（詳見第15問）。
（2）如有傳染性疾病發生，為減少損失，必須及時嚴格對雞舍和雞群進行消毒：
①及時清除分泌排泄物並進行滅菌滅蟲處理。②用0.3%的過氧乙酸或0.1%的新潔而滅進行噴灑環境和雞的體部，但註意不要直接噴灑雞頭部。如是雛雞應加溫至35～40℃，並盡快將羽毛烘幹。也可用甲醛熏蒸法對雞體消毒。