產生耐藥性的主要原因有：
（1）細菌本身可通過變異或獲得耐藥質粒而產生耐藥性，細菌可通過多種耐藥機制對抗菌藥物產生耐藥性。(2）抗菌藥物在自然界廣泛應用，自然界存在的耐藥菌只占少數，難以與占優勢的大多數敏感菌競爭，只有敏感菌由於抗菌藥物的選擇作用而大量被殺滅，耐藥菌才能大量繁殖成為優勢菌取代敏感菌的地位造成感染。(3）盲目應用廣譜抗菌藥物，不同鴨群、不同地區細菌耐藥性和耐藥率不同，對本地區細菌耐藥性流行情況缺乏了解，盲目應用廣譜抗菌藥物導致耐藥性的產生。(4）缺乏聯合用藥缺乏聯合應用抗菌藥物是耐藥性產生的重要原因之壹。