1.抗生素:抗生素在根除幽門螺桿菌中起主要作用。常用藥物有:阿莫西林、克拉黴素、替硝唑、甲硝唑、左氧氟沙星、呋喃唑酮、環丙沙星、四環素。由於不同地方的抗生素耐藥性不同，選擇抗生素應根據當地的耐藥性。
2.質子泵抑制劑:由於胃處於酸性環境，抗生素在酸性環境下無法發揮正常的抗菌作用，所以需要聯合質子泵抑制劑抑制胃酸，升高胃內PH值，起到消滅幽門螺桿菌的作用。常用藥物包括奧美拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑、蘭索拉唑、雷貝拉唑和依普拉唑。
3.鉍:鉍是壹種胃粘膜保護劑，在胃內產生沈澱，形成彌散性保護層覆蓋在受損的胃粘膜上，促進粘膜再生和潰瘍愈合。常見的藥物有枸櫞酸鉍鉀和果膠鉍。
口服藥物治療兩周後，建議去醫院復查幽門螺桿菌，必要時做胃鏡，明確胃部病變。