所有這些藥物的主要不良反應是過敏反應。
其次，第壹代和第二代主要是腎損害；第三代和第四代主要是由於抗菌譜廣，容易引起菌群失調(如黴菌感染)，部分容易引起出血(如頭孢哌酮)。
總之，在所有抗菌藥物中，這類藥物副作用最小。