1.醫學應用
溶菌酶可作為壹種天然抗感染物質，具有很強的殺菌作用。有抗菌、抗病毒、止血、消腫止痛和加速組織恢復的功能。臨床用於慢性鼻炎、急慢性咽炎、口腔潰瘍、水痘、帶狀皰疹、扁平疣等。還可與抗菌藥物聯合使用，治療各種細菌和病毒感染。口服，3-5 片/次（腸溶片含 10 毫克），3 次/日。口服，1片/次（含20毫克的口服片劑），4～6次/天。外用：1%～2%溶液滴註、擦拭或直接噴粉。肌肉註射：50毫克～100毫克/次，1～2次/日。滴眼劑：2%溶液。有些人會對它產生過敏反應，它具有濃痰散結、止血抑菌、組織修復、消炎鎮痛、抗過濾病毒等作用，因而用氯化溶菌酶制藥具有消炎止血、治療感冒、皮膚病及眼、鼻、咽喉等藥物作用。
2.食品保鮮應用
溶菌酶在食品保鮮中可作為防腐劑使用，其主要功能是水解細菌細胞壁，在細胞內吞噬病原菌起到破壞作用。該酶對革蘭氏陽性菌中的枯草桿菌和耐輻射微球菌有分解作用。對普通曲黴菌、大腸桿菌和副溶血性弧菌等革蘭氏陰性菌也有壹定的溶解作用，其最有效濃度為 0.05%。溶菌酶與聚合磷酸鹽、植酸、甘氨酸等配合使用時，還能有效提高其殺菌效果。