基地始建於1994年，由國家科技部、國家衛生部、國家食品藥品監督管理局與上海市人民政府1996年在人民大會堂簽署***建協議，並且中國科學院也在1996年加入***建協議，加快實施發展生物技術與現代醫藥產業的新興科技產業戰略。
上海張江生物醫藥基地開發有限公司承擔基地的開發運營、集成服務和科技投資工作。經過十余年的發展，作為上海國家生物產業基地、國家科技興貿創新基地、國家醫藥出口基地的核心區，基地內集聚國內外生命科學領域企業、科研院所及配套服務機構400多個，形成了完善的生物醫藥創新體系和產業集群，已成為國內生物醫藥領域研發機構最集中、創新實力最強、新藥創制成果最突出的基地之壹。