寶寶腸道消化功能不成熟，各種消化酶量少、活性低，而寶寶需要更多的熱量來滿足生長發育，所以消化系統負擔重，容易受外界因素影響。
原因二:飲食不規律或選擇不當。
飲食不當往往是導致消化不良的重要因素。餵養不規律，寶寶吃得太多(太多會導致消化不良)或太少，有些配方奶粉不容易被寶寶的腸胃消化，斷奶期的食物營養過高，過早食用含有大量澱粉和脂肪的食物，或者食物搭配不當，都會導致消化不良。同時，普通奶粉中的POP容易與鈣皂結合形成皂化鈣，導致脂肪和鈣不能被寶寶消化吸收，從而堵塞腸道，引起消化不良。然而，罕見的結構脂質OPO沒有。能有效減少鈣皂的形成，性質更溫和，還能促進寶寶吸收關鍵營養。
原因三:天氣、哭鬧等因素。
如果天氣突變，腹部受寒會增加腸道蠕動；過度哭鬧、緊張或抑郁；感染和濫用抗生素，使胃腸道內的菌群不穩定等。可能會削弱胃腸道的消化吸收能力，導致消化不良。