藥品增值稅發票與增值稅發票的區別本質是：增值稅專用發票（藥品專用）與增值稅發票的區別。
1、發票的印制要求不同：
根據新的《稅收征管法》第二十二條規定：增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制；其他發票，按照國務院主管部門的規定，分別由省、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2、發票使用的主體不同：
增值稅專用發票壹般只能由增值稅壹般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批準後由當地的稅務機關代開；普通發票則可以由從事經營活動並辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。
3、發票的內容不同：
增值稅專用發票除了具備購買單位、銷售單位、商品或者服務的名稱、商品或者勞務的數量和計量單位、單價和價款、開票單位、收款人、開票日期等普通發票所具備的內容外，還包括納稅人稅務登記號、不含增值稅金額、適用稅率、應納增值稅額等內容。
參考資料：