由於各地區名稱差異較大，藥用植物名稱較為復雜，同物異名、同名異物的現象較多。主要有以下幾個來源：1）產地，如川芎、川貝母。2）作用，如 Limonium aureum、Didymocarpus hedyotideus。3）部位，如忍冬、忍冬、地榆。4) 名稱，如 Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica, Lonicera japonica.Lonicera japonica, Polygonum orientale.4) 形態，如人參。5) 顏色，如黃連。6) 味道，如甘草。7）傳說，如附子等。
中藥名稱的形成有很大的人為因素，沒有嚴格的邏輯性和系統性，不科學。因此，中藥界已將全國藥材名稱用拉丁學名進行了系統標註，扭轉了名稱混亂的局面，使之更科學、更系統，從而按圖索驥進行新藥用植物的挖掘和開發。
西藥名壹般用西藥用化學合成法或從天然產物中提取制成的藥物名稱；如阿司匹林、青黴素、止痛藥等。
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