因為有的需要低溫冷藏，而有的是常溫保存即可。
在儲存益生菌藥品時，建議您先閱讀藥品說明書，註意藥品說明書中儲存條件，註意區分各種不同的說法。
例如：說明書標明常溫儲存是指10-30℃儲存，冷藏儲存是指2-10℃儲存，涼暗處儲存是指避光且不超過20℃的地方儲存，陰涼處儲存是指在不超過20℃的地方儲存。
為避免藥品失效，儲存條件很關鍵！
目前國內使用的益生菌種類繁多，主要有雙歧桿菌、乳桿菌、酪酸梭菌、布拉酵母菌、腸球菌、地衣芽孢桿菌和蠟樣芽孢桿菌等
根據益生菌的定義，其指給予壹定數量的、能夠對宿主健康產生有益作用的活的微生物，因此益生菌多為活的菌株。益生菌藥物的作用具有明顯的菌株特異性和劑量依賴性，所以益生菌的儲存方法不正確對其療效有明顯影響。
菌株的存活需要壹定的條件，如需冷藏的未進行冷藏時，導致藥物失活其活菌數量可能不能達到說明書中標示量，即使按照說明書用足劑量後仍無法彌補人體所需的益生菌數量，藥物療效降低。
同樣的，不需儲存在冰箱的放在冰箱後，也可導致菌株存活條件改變而失活，影響藥物療效。
藥師提示，即使在有效期內的益生菌藥物如果存儲方式不當，容易導致益生菌生物活性喪失而影響藥物療效，建議不要服用。